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原代细胞培养
微卫星标记STR/SSR

时间:2019-01-15 浏览:428次

微卫星标记STR/SSR

背景介绍

微卫星标记(Microsatellite)也称为短串联重复序列(STR)或简单重复序列(SSR),是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。微卫星位点通常通过PCR扩增和电泳检测,并根据片段大小分离等位基因进行分析;扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测,传统方法采用聚丙烯酰胺凝胶电泳加放射显影或银染的方法,费时费力效率低。阅微基因基于5年的经验,利用ABI遗传分析仪对荧光标记的DNA片段进行检测,结合分子量内标进行DNA片段长度计算,使STR分型变得高效快捷,结果也更加精确。

服务项目

1.SSR引物开发
通过富集微卫星序列,开发出20-30条具有一定重复特征的微卫星序列,并且对序列进行多态性和特异性验证。

服务编号

方法

内容说明

价格

周期

STR01

SSR引物开发

开发未知基因组序列物种的引物

询价

2-4

STR02

SSR引物筛选

筛选适合荧光检测的引物

询价

2-4

STR03

引物设计与合成

荧光标记引物

询价

1

STR04

PCR条件优化

单重和多重PCR

询价

1-2

STR05

PCR扩增

荧光或非荧光

询价

1-4

STR06

测序仪检测

用测序仪对单色或多色荧光标记DNA 片段进行分离和检测

询价

2-7工作日

STR07

原始数据分析

将原始数据分析为基因型

询价

1工作日-2

STR08

群体遗传学分析

关联分析、连锁图构建等

询价

1-2

STR09

AFLP检测

检测和数据分析

询价

2-5工作日

. 引物筛选
选取部分代表性样本,利用普通引物进行PCR扩增,然后利用高分辨率芯片电泳或PAGE验证引物的特异性、扩增效率和基因座多态性等信息(图1)。


1. 用岛津MultiNA芯片电泳仪进行引物筛选的结果

3.样本批量扩增
用带有荧光标记(FAMHEXTMRROX等)的引物,对批量样本进行PCR扩增。我公司拥有高通量PCR仪平台,可以满足大量样本扩增需求。
4.测序仪检测
带有荧光标记的PCR产物进行稀释后与分子量内标混合,用3730xl等测序仪进行毛细管电泳,并得到原始数据(fsa文件,见图2)。


2. 应用3730xl测序仪检测得到的原始图谱

5.原始数据分析
编制panelbin等文件,使用正版GeneMapper v4.0软件分析测序仪得到的fsa文件,并生成PDF图谱和Excel文档(包括size、基因分型等信息),分析后的电泳图谱见图3


3. GeneMapper软件分析后的电泳图谱

6.群体遗传学分析
利用生物信息学软件(POPGENEMEGAPHYLIPARLEQUIN等)对上述数据进行进一步分析,绘制遗传连锁图谱、分析连锁不平衡和分析多态性等。

送样要求

细胞(106)、组织(≥300mg)、血液(≥1mL)、基因组DNA(≥20μl,浓度≥50ng/μl);引物信息、片段长度范围、琼脂糖电泳图等。

提供结果

引物、微卫星分析的原始数据以及GeneMapper生成的PDF图谱、包含片段长度等信息的Excel文档和进一步的分析结果等。

成功案例

到目前为止,我公司与上百家科研机构建立合作,进行过多个物种的引物开发、多态性分析、种系鉴定和连锁图谱构建等工作,包括人、小鼠、大鼠、兔、马、犬、牛、大熊猫、鱼、虾、麻雀、蜜蜂、蚊子、蚜虫、瓢虫、小麦、玉米、大豆、棉花、杨树、苹果、葡萄和真菌等。



一站式整体科研服务,成就更高水平的科研成果

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麟美生物主营业务包括实验动物模型建立、分子生物学、载体构建、细胞转染、基因治疗实验、细胞功能验证、基因敲出/入、原代培养、高通量测序、蛋白组学、代谢组学、高通量高内涵筛选、药效学评价、药理毒理学实验、慢病毒包装与稳转株建立等多项科研技术服务,并建立了涵盖实验设计、项目实施、结果整理、数据分析及策略咨询等一站式的科研服务体系并提供全方位科研方案。


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