在线客服
在线客服
服务时间:8:30~17:30
客服热线
400-1500-535
客服服务热线
关注微信

微信

原代细胞培养
染色质免疫共沉淀(CHIP)

时间:2021-03-05 浏览:357次

染色质免疫共沉淀

染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与新一代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。


一、ChIP实验操作流程

1.样品准备与交联

细胞收集后,用1%的formaldehyde处理细胞,交联核酸与DNA结合蛋白;

2.超声打断染色质

裂解细胞,用超声波将染色质超声破碎成200-1000bp片断;将片段分为两份,一份用于免疫共沉淀,一份用于对照。


   图1染色质免疫共沉淀实验流程                                              图2 超声破碎后DNA电泳图(lane2)

3.免疫共沉淀(IP)

取B步骤所得一份片断与ChIP特异抗体结合进行免疫共沉淀,利用免疫磁珠法富集抗体复合物。

4.解交联及纯化DNA

将富集的DNA/蛋白复合物解交联释放DNA片段,并进行纯化(IP DNA);B步骤所得用于对照(Input DNA)的片断作不进行IP实验,但也要解交联并纯化。

5.DNA段PCR扩增

针对ChIP DNA, Input DNA及对照DNA的目的片段设计特异性引物并进行荧光定量PCR扩增。

6.结果分析

%Input=2(CtInput-CtChIP)×Fd×100%

Fold Enrichment = [%(ChIP/Input)] / [%( Negative control/Input)]


应用领域:

•  判断DNA链的某一特定位置组蛋白修饰的类型

•  精确定位RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点

•  组蛋白共价修饰与基因表达的关系的研究

•  转录因子结合位点和功能研究


产品优势:

•  检测覆盖范围广:全基因组范围内扫描目标区域;

•  检测分辨率高:更利于精确定位目标区域;

•  样本需要量低:需要的免疫沉淀后的DNA量可低至5-10ng;

•  可靠性好:避免了非特异性杂交,背景低;

•  性价比高:花费较少即可检测全基因组,获取准确丰富的信息。


1.基本信息分析

按照标准过滤原则对将raw data过滤成clean data;

raw data及clean data的数据量及Q20、Q30统计;

raw data及clean data测序质量分布图,GC/AT含量分布图,duplicate rate统计。


2.标准信息分析

比对到参考基因组并统计比对结果(需提供参考基因组信息);

Peak calling得出Peak region report(CSC bedformat file);

去除multiple  identical序列;

确定转录结合位点和组蛋白标记;

Peak相关基因的GO注释分析;

多个样本间peak及相关基因的差异分析。


3.高级信息分析

根据客户的具体研究目的所开展的深入分析。


样品要求:

1. 样品类型:ChIP-DNA;

2. 样品浓度:≥10 ng/µl;

3. 样品总量:≥100 ng;单次实验用量为30ng时实验的可重复性较好,因此请尽可能提供较多的样品;若单次ChIP后DNA量不够,建议将2~3次ChIP的DNA合并在一起;

4. 样品纯度:OD260/280为1.8~2.2;

5.DNA片段大小:分布在100~500bp范围,且主要片段在~250bp(清晰的电泳图或2100检测结果)。



【一站式整体科研服务,成就更高水平的科研成果】

标书基金实验咨询       表观遗传组学分析

课题实验结题指导       细胞分子功能验证

实验培训文章润色       动物模型裸鼠成瘤

临床检测科研转化       病理染色分子互作
麟美生物主营业务包括实验动物模型建立、分子生物学、载体构建、细胞转染、基因治疗实验、细胞功能验证、基因敲出/入、原代培养、高通量测序、蛋白组学、代谢组学、高通量高内涵筛选、药效学评价、药理毒理学实验、慢病毒包装与稳转株建立等多项科研技术服务,并建立了涵盖实验设计、项目实施、结果整理、数据分析及策略咨询等一站式的科研服务体系并提供全方位科研方案。

合作流程:

全国免费电话:400-1500-535

公司邮箱:3405768204@qq.com

官方网址:www.limibio.cn

公司地址:合肥市高新区天达路2号安徽大学科技园创新楼5层