染色质免疫共沉淀

染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与新一代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。

一、ChIP实验操作流程

1.样品准备与交联

细胞收集后，用1%的formaldehyde处理细胞，交联核酸与DNA结合蛋白；

2.超声打断染色质

裂解细胞，用超声波将染色质超声破碎成200－1000bp片断；将片段分为两份，一份用于免疫共沉淀，一份用于对照。

   图1染色质免疫共沉淀实验流程                                              图2　超声破碎后DNA电泳图（lane2）

3.免疫共沉淀(IP)

取B步骤所得一份片断与ChIP特异抗体结合进行免疫共沉淀，利用免疫磁珠法富集抗体复合物。

4.解交联及纯化DNA

将富集的DNA/蛋白复合物解交联释放DNA片段，并进行纯化（IP DNA）；B步骤所得用于对照（Input DNA）的片断作不进行IP实验，但也要解交联并纯化。

5.DNA段PCR扩增

针对ChIP DNA, Input DNA及对照DNA的目的片段设计特异性引物并进行荧光定量PCR扩增。

6.结果分析

%Input=2(CtInput-CtChIP)×Fd×100%

Fold Enrichment = [%(ChIP/Input)] / [%( Negative control/Input)]

应用领域：

•  判断DNA链的某一特定位置组蛋白修饰的类型

•  精确定位RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点

•  组蛋白共价修饰与基因表达的关系的研究

•  转录因子结合位点和功能研究

产品优势：

•  检测覆盖范围广：全基因组范围内扫描目标区域；

•  检测分辨率高：更利于精确定位目标区域；

•  样本需要量低：需要的免疫沉淀后的DNA量可低至5-10ng；

•  可靠性好：避免了非特异性杂交，背景低；

•  性价比高：花费较少即可检测全基因组，获取准确丰富的信息。

1.基本信息分析

按照标准过滤原则对将raw data过滤成clean data；

raw data及clean data的数据量及Q20、Q30统计；

raw data及clean data测序质量分布图，GC/AT含量分布图，duplicate rate统计。

2.标准信息分析

比对到参考基因组并统计比对结果（需提供参考基因组信息）；

Peak calling得出Peak region report(CSC bedformat file)；

去除multiple  identical序列；

确定转录结合位点和组蛋白标记；

Peak相关基因的GO注释分析；

多个样本间peak及相关基因的差异分析。

3.高级信息分析

根据客户的具体研究目的所开展的深入分析。

样品要求：

1. 样品类型：ChIP-DNA；

2. 样品浓度：≥10 ng/µl；

3. 样品总量：≥100 ng；单次实验用量为30ng时实验的可重复性较好，因此请尽可能提供较多的样品；若单次ChIP后DNA量不够，建议将2~3次ChIP的DNA合并在一起；

4. 样品纯度：OD260/280为1.8~2.2；

5.DNA片段大小：分布在100~500bp范围，且主要片段在～250bp（清晰的电泳图或2100检测结果）。

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